「ちょっと着いてきて欲しい場所があるんだ」
そんなステラの「お願い」から、コンガウから遠く離れた砂漠にある遺跡「メル」の内部を調査することになった開拓者たち。 〈魔剣の迷宮〉の内部に広がる、空、河――そして街。 アアルという名の街を探索した開拓者たちは、神殿で3枚の壁画を目にする。 それには、アアルの成り立ち、『ステラ』という役割、そしてアアルの終焉について描かれていた。 しかし、突如現れたアンムトとヘルマニビスによって、アアルは壊滅の危機に瀕する。 開拓者の活躍で、アンムトは殲滅され、数人のアアル住民は助かった――しかし、ヘルマニビスは姿を消し、アアルはそれが正しい姿であるかのように、廃墟へと変貌する。 ヘルマニビスへの再戦を誓い、開拓者たちはメルを去るのだった。
「ヘルマニビスに動きがあったみたい」
前回の撤退の後。ステラに集められた開拓者たちは、ステラの依頼を受け、再びメルを訪れる。 そこには、先日殲滅したはずのアンムトの群れが跋扈する、滅びたアアルの姿があった。 開拓者たちはアアルに潜入、そしてヘルマニビスが待つ王宮へと強襲し、激闘の末、ヘルマニビスを撃破する。 ヘルマニビスを取り込んだことで、プラーラは「イムヘテプ」の名を、ステラは「アアル」と「ネチェリケト」を思い出した。 そして、次へと手を伸ばすため、二層――「ミクトラン」へ昇ることを決めるのだった。
「二層の攻略をお願いしたいの」
再び、ステラからの依頼でメルを訪れた開拓者たち。 第二層は霧により視界は不十分、そして雷の降り注ぐ荒野だった。 さらに、遠距離の狙撃によって先に進むのも難しく、開拓者たちは罠や落雷、そして合間に行われる狙撃を躱しながら、「門番」の降り立つ祭壇へと駆け抜ける。 そして、狙撃を行っていたという魔動天使・コレイとの共闘を断り、開拓者たちは「門番」であるア＝ドゥルガシュテロと激戦を繰り広げる。 ア＝ドゥルガシュテロをあと一歩のところまで追いつめた開拓者たち。しかし、最後のトドメは魔動天使・コレイによって行われ、「門番」のリソースは取られてしまう。 それぞれの想いを胸に、ステラは第三層の偵察を、開拓者たちに依頼することを約束し、メルを後にするのだった。
「そろそろ、第三層に行こうと思うんだ」
ステラに集められた開拓者たちは、彼女の依頼で、再度メルへと向かう。 そうして訪れた第三層――そこは、青い炎が闇を照らす、天井の見えぬ薄暗い洞窟だった。 そして、第三層に着いてすぐ出会った人物――魔法王を名乗る男、ナブー・クドゥルと、彼と契約している魔動天使・ネチェル。 彼らと（なんやかんやあったものの）共に進むことになった開拓者たちは、一本道の上に築かれた門へと行き着く。 全部で八つある門――順に、最優、技巧、俊敏、膂力、叡智、才能、精神、生命。それらを捧げ、門を開いた開拓者たちは、最奥にある「空の玉座」の間へとたどり着く。 しかし、そこで触手による強襲を受け、魔動天使・ネチェルが攫われ、開拓者とナブーは一時撤退することに。 そして、触手――門番であると推定される存在を倒すため、一時態勢を整えることにするのだった。
「頼む、ネチェルを助け出してくれ」
ナブーの願いのため、そして奪われたものを取り戻すため。開拓者たちは再度クルヌギアを訪れた。 そんな開拓者を出迎えたのは、メルの内部に残っていたナブーとプラーラ。 そして――第二層では決別した、コレイとバルドルだった。 力を奪われたのだというコレイとバルドルは、ただ一つ残した「切札」――ドゥルガーユニットを用いて、開拓者の道を拓くことを提案する。 その提案を受け入れた開拓者たちは、道中で開けた門を閉め、奪われた能力を半分程度取り戻し、万全とは言えずとも揃えられる最大戦力で、深奥へと向かう。 力を吸ったことで増殖した触手たちを、ドゥルガーユニットの一撃で薙ぎ払い、触手の本体とも言うべき存在――「門番」オグマドロアへと挑む。 総力戦の果て、オグマドロアの触腕をすべて打ち倒した開拓者たち。オグマドロアは吸収していたネチェルを吐き出し、崩れ落ちる。 すべては解決した――その幻想は、ネチェルがナブーを刺したことで、崩れた。 ネチェルはナブーをオグマドロアに吸収させ、開拓者たちに自身の目的を語る。 それは、アウザ神の降臨。そして、その果ては魔剣争奪儀式を滅茶苦茶にすること。 そう告げると、ネチェルは開拓者たちを「空の玉座」の間から追い出し、第八の門を硬く閉ざすのだった。 『……ドゥアトの奥にて、皆様のご来訪をお待ちしておりますワ――』
ネブーは死に、オグマドロアへと取り込まれた。 開拓者たちは一度外に出て、新たなメンバーを連れて再び第三層・クルヌギアを訪れる。 ネチェルが掌握したクルヌギアはその様相を変えており、奥へと進む開拓者たちを迎え入れるように、そして逃がさないように、8つの門が閉じていく。 そして最奥――空に虹をぶちまけてたかのような「空の玉座」の間で開拓者たちを待つのは、ネチェル。そして、床に広がるオグマドロアだった泥。 ネチェルが泥に身を投げると、泥が形を作り、そこにはアウザの特徴を持ったオグマドロアが現れた。 開拓者たちはアウザ・オグマドロアと激戦を繰り広げ――そしてついに、致命傷を与える。 しかし、アウザ・オグマドロアは膝をつかず――その体を構成する一つである、ナブーが自決をすることで、ようやく偽の神は消滅した。 ナブーの魂が消え、残ったネチェルは、開拓者たちと言葉を交わし、アウザの信徒によってその活動を終わらせる。 初めての魔剣争奪儀式の脱落者の天使核を取り込み、プラーラは次の階層――「ヨミ」の名を、開拓者たちに告げるのだった。 「ステラをよろしくね」という、言葉と共に。
第四層の攻略は、クルヌギアから期間を置いて始まった。 今までのように「メル」を訪れた開拓者たちを迎えたのは――一面に広がる、機械で出来た花の園。 庭園を進む開拓者の行く手を阻むように、機械の植物たちが罠を張る。 それらを越えた先――小さな庭園で出会ったのは、メリアの青年と、彼の膝を枕にし、眠る魔動天使の少女。 シーイェと名乗った青年の言葉では、既に第四層の「番人」は打倒され、先に来ていたコレイ・バルドルの両名は第五層へと向かったという。 そして、シーイェと話した後、開拓者たちもまた第五層へと向かおうとし―― ――気付けば、第四層の入口へと戻されていた。 プラーラ曰く、これはこの儀式の主催者による介入であり、シーイェとその魔動天使・ユーファを倒さねばならない、という。 開拓者たちは再び庭園を進み――そして、シーイェとユーファに対峙する。 二人を打倒した開拓者たちは、ユーファの加護を失い年老いたシーイェを第五層へと見送り、そして核を失ったユーファを弔う。 かくして、四層にて二人目の魔動天使を破ったプラーラたちは、第五層――「ヴァルハラ」へと進むことになるのだった。
ステラの頼みで、再び「メル」を訪れた開拓者たち。 しかし、第四層から第五層への転移途中で、開拓者たちはステラとプラーラとは別の場所へと「弾かれ」る。 そこは、炎に包まれる魔動機文明の屋敷。その中で、レブナントとなった古い戦士たちが互いに目につく存在を殺し合っていた。 そんな中、開拓者たちの前に、炎の魔剣『ガラティン』を持つ戦士・ヘセルが現れる。 彼は、開拓者たちがステラを探していることを知ると、「イムヘテプの排除が主命」と言い、開拓者たちに牙を剥く。 しかし、その場は、コレイと分断された契約者・バルドルにより切り抜けることができた。 そして、開拓者たちはコレイと一時的に協同し、屋敷を探索する。 その結果、バルドルの前世や、コレイ、そしてフリッグという女性についての情報を得る。 その後、「ヴァルハラ」の核が『ガラティン』だと知った開拓者たちは、ヘセルと対峙。 彼を打ち破り、正規の第五層へと転移する。 そして、そこでステラとプラーラと合流し――そして、第五層に配置された魔動天使・シェウトに出会うのだった。
第五層攻略の為に、再び「メル」を訪れた開拓者たち。 先も見通せないほどの吹雪の中、第五層の魔動天使・シェウトを探すために、氷に覆われた大地を開拓者たちは進む。 そこで見つけた痕跡――シーイェの足跡を追っていくと、急に吹雪が強まる。 開拓者たちは風を避けながら痕跡を追い――そして、その先でシェウトと、そして氷像となり砕け散ったシーイェを見つける。 シェウトと言葉を交わし、竜化したシェウトと戦い――そして、勝利した開拓者たち。 シェウトの核を取り込んだプラーラは、開拓者たちに自分の正体、そしてステラの出自を語る。 そして、この儀式の黒幕――イムヘテプを止めるため、開拓者たちに協力を頼むのだった。
イムヘテプの企み――ステラを器とし、ネチェリケトを「ヒト」として復活させることを阻止するため、開拓者たちはステラの依頼でメルを訪れる。 そして、訪れた第六層――そこは、一切の「命」が無い、夜の森だった。 川に流れてきた氷片を頼りに、川を遡っていく開拓者たち。 かれらは、その道中でイムヘテプの過去を垣間見ながら、彼女の元を目指す。 そして、凍った湖の上に座すイムヘテプと対峙し――激闘の末、開拓者がイムヘテプを下し、プラーラが彼女にトドメを刺した。 これで、すべては終わった――そう思ったのも束の間。 再起動したイムヘテプが、何かを詠唱すると――プラーラの身体が、魔動天使のものから、生前の姿に代わり。 そして――透明の線が、開拓者たちを――そして、ステラを介して、外の世界へと、繋がり。 開拓者たちは、意識を失うのだった。